Впустят, не могут не пустить с действующей шенгенской визой в шенгенскую страну.
Но если за весь срок действия визы ваш сын так и не съездит в Латвию могут быть проблемы с повторным получением визы туда. Т.е. Визу скорее всего дадут, но на минимальный срок.