на первый взгляд мне импонирует вариант продать 2 договорами, бОльшую сумму отнести на участок, а меньшую (до 1 млн.) на дом. по поводу возможности в принципе продажи земли отдельно, а строений на ней отдельно я бы проконсультировалась либо с юристом, либо с риэлтором - последний по кр. мере должен знать, есть такая практика раздельной продажи или нет. хотя учитывая что у вас это 2 разных объекта права собственности, то скорее всего их можно продать по 2 договорам.
а в реальности, если по рынку смотреть - у вас земля без дома стоит сильно дешевле, чем та сумма, которая получится, если из планируемой стоимости продажи всего комплекса вычесть 990 тыщ рублей? т.е. насколько такое разделение стоимости между 2 договорами будет соотв-вать реальности?
по твоему последнему вопросу - с разницы в 600 тыщ налог придется заплатить. освобождение в 1 млн. применяется только когда облагаешь налогом цену продажи без вычета расходов на приобретение/строительство.