Честно если в Праге всего 2 дня, то в Вену я бы не поехала. В Праге смотреть все: Пражский град с храмом св. Вита, сады на террасах около выхода из Пражского града сейчас лето там очень красиво, собор святого Микулаша на Маластранской площади, куранты Орлой на Староместской площади, Вышеград, холм Петршин, Йозефов (еврейский квартал) и много много всего. Праги на 2 дня мало, очень мало. По карловым варам не скажу. Ну можно все источники посмотреть, по окресностям полазить.