Куда бы ни прописали ребенка, к маме ли, к папе ли - это НЕ будет ухудшением.
Так что прописывайте куда хотите. Соответственно, если хочется поучаствоват ьв МС и иже с ними, то прописывать надо к папе.
Если его квартира муниципальная, то ничьих согласий не требуется, только бумажки с прописки жены, что там ребенка не регистрировали.