1. Задаток застройщику, конечно, дают. Я тоже делала предоплату именно застройщику, т.е. организации, у которой разрешение на строительство. Посмотри, чтобы в договоре это было оговорено.
2. Раз ГК дом приняла, то, скорее всего, квартиру застройщик оформил уже на себя, так обычно с нераскупленными квартирами поступают. Т.е. ты покупать будешь не по Договору долевог участия, а по обычному договору купли-продажи. Значит, у квартиры уже есть лицевой счет, нужно просто у застройщика уточнить, есть ли долг на этой квартире, обычно застройщики с самого начала свою управляющую компанию ставят, которая все эти дела отслеживает.
И в акте приемки-передачи надо указать показания счетчиков, тогда ни за какие 3 года платить коммуналку не будешь, а только с момента въезда.