Отель - питание (может быть даже все включено, но для Черногории это скорее исключение), пользование инфраструктурой на территории - бассейны, детские площадки, вечернаяя анимация, ежедневная уборка номера.
Апартаменты - это квартира в аренду фактически. Уборка или при выезде, или как договоритесь, питания чаще всего нет, но могут быть завтраки (зависит от конкретных хозяев). Апартаменты через агентство необоснованно дороже получатся, чем самостоятельно.
Отели в Черногории дорогие (которые нормального уровня и сервиса), что лучше уж в Испанию.