Я не специалист, поэтому все имхо.

Не очень понятно, о какой инфекции ты пишешь, но думаю, возможны варианты:
1. Или вы сдавали анализы ДО того, как заболеть, или во время инкубационного периода болячки. Не все они сразу ловятся анализами.
2. ПЦР не все заболевания выявляет (герпес, в частности, мне ни разу не показал).

А вообще что переживать, сдай еще раз.