Попробую томатную пасту сменить на помидоры и свеклу вообще не варить.
Я вот думаю, а может, все-таки это от прожаренных лука с морковью? Масло от них как раз не может сверху плавать? Может, их не жарить, а кидать прямо в суп сразу?