да, неважно. Все эти вычеты - как раз для расчета налогооблагаемой базы в случае если в собственности меньше 3 лет.
Если в собственности больше 3 лет, то там даже не возникает обязанности по уплате налога на доходы (с продажи), т.к. это не рассматривается как сделка с целью получения дохода.