По идеи должны либо считать по новому, т.е. за 2 года брать зп и делить на 730 дней (тогда ты должна с прошлых мест работы 2 НДФЛ предоставить. Либо до конца 2012 года по старому, т.е. возьмут зп за предшествующие 12 месяцев и по делят на фактически отработанное время, в твоем случае зп за 3-4 месяца поделят на то время которые ты работала (не календарные дни).

Деньги платят ФСС, работодателю потом возмещают твою выплату, но это только по той сумме с которой уплачен налог, т.е. с белой зп. Вряд ли работодатель захочет тебе самостоятельно доплачивать из своего кармана.