стараюсь отдельно наборы хранить. Но у меня это плохо получается: например, собираем какую-нибудь игрушку, сын ее потом модифицирует-переделывает, что-то от нее отделяет, что-то наборот добавляет. То, что я успеваю заметить, что отделено было от игрушки, я могу сложить опять в коробку (если ему эти детали уже не нужны). а в основном надо быстро вечером все это дело убрать с пола, поэтому просто в общий пластиковый контейнер.
У нас примерно четыре-пять коробок отдельных, инструкции по сборке храню и один большой пластиковый контейнер, где все подряд.
Китайское "лего" всего один наборчик небольшой был, но он успешно стыкуется с оригиналом, поэтому просто со временем смешался со всей кучей.