А лоток чистый? Каждый раз убираете или 1 раз в день? Или реже? Коты не любят когда грязно, ещё полностью надо 1 раз в месяц менять полностью наполнитель, а лоток мыть доместосом, чтобы запаха не оставалось. Попробуйте. Ещё некоторые виды наполнителя имеют свойство рассыпаться и вычистить трудно, поэтому запах остается, это особенно касается древесных наполнителей и силикогеля. Если 2 лотка приглянулись ему, значит точно дело в чистоте, поскольку в новом лотке пока запаха нет.
У меня был котенок который очень хорошо ходил в лоток у нас, а как хозяева забрали стал иногда рядом ходить, стала выяснять и выяснилось, что лоток они меняют 1 раз в несколько дней! Конечно ему это очень не понравилось, кошки более спокойно к этому относятся, у них запах менее едкий.