при продаже у тебя есть 2 варианта - на твой выбор:
1) вычесть из стоимости продажи 1 млн, с остального заплатить налог
2) вычесть из стоимости продажи стоимость покупки, с разницы заплатить налог

разумеется если у тебя сохранились все документы на покупку, и покупали вы за реальную цену (а не за 990 тыщ), то тебе выгоднее выбрать опцию №2.

если же покупали за 990 тыщ, то либо продавать тоже за 990 тыщ, либо платить налог.