Алёнка, ты декларацию когда-нибудь подавала? Советую тебе скачать программу для её заполнения отсюда - http://www.r77.nalog.ru/help_nalog/pd/pd_fl/3880069/ . Скачивание и установка займут пару минут. Всё бесплатно. В этой программе ты можешь посмотреть, что и как можно делать со всякими рода вычетами.

Например, начинаем заполнять графу «Доходы, полученные в РФ»:

Зелёный плюсик / Источник выплат (т.е. продавец вашего новостроя) –Иванов Иван Иванович / Нижний зелёный плюсик / Код дохода – 1510-Доходы от реализации недвижимого имущества (кроме долей) / Сумма дохода – 5000000 / Код вычета (расхода) – 903 В сумме документально подтверждённых расходов / Сумма вычета (расхода) 4800000

Судя по этой программе, невозможно сразу получить и вычет «В сумме документально подтверждённых расходов» и вычет «Продажа имущества, находящегося в собственности менее 3-ёх лет». Или – или.