ИМХО я бы сделала так в одну сторону (от Берлина на машине), а потом вернулась бы поездом в Берлин.
Точнее я сейчас почти твоим маршрутом еду - Берлин -Чехия - Мюнхен- берлин)
)))) Могу потом рассказать как оно)
Пару общих мыслей (про прошлому разу с ребенком):
1) С ребенком перегоны больше 350 км. Больше уже тяжеловато. Причем 1 день перегон, а на следующий день/два дня - отдых.
2) Автокресло следующей группы (как раз дорастет) - купите там

). Потом в Москву привезете. Ромер 6700 будет стоить (против 13000 в Москве).
3) С ребенком берите аппараты с кухней или микрой. Например, моя категорически не ест в ресторанах и кафе.
4) Зальцбург - там правда можно только 1 день (мирабель + Хофензальцбург + домик моцарта) . И все в принципе. А с учетом того, что там надо ногами-ногами... Если летом, то там по горам и озерам пошастать можно. НО вот зимой вопрос...
5) в Карловы Вары сгоняйте лучше (а не в прагу) - теплые термальные источники и недалеко от общего маршрута
6) я маньяк конечно, но при наличии ребенка (без коляски уже) и машины стараюсь не останавливаться в крупных городах и гулять" по окрестностям".