У меня в детстве был такой налёт. Ничего с ним не делали, проблем с жкт не было. В сознательном возрасте стеснялась этого, жаль, что тогда не было возможности сделать такую чистку (или врачей толковых не попадалось). С постоянными зубами все ок.
Сейчас у дочки (1год11мес) тоже появился налет. Так что я склонна думать, что это особенности эмали, обусловленные в нашем случае частично наследственностью. В версию с дисбактериозом не верю.
После трех лет будем делать чистку у стоматолога время от времени.