Если сроки не поджимают, записывайтесь по телефону на подачу документов в посольство. Но даже при записи придется какое-то время померзнуть на улице. Если мерзнуть нет желания, можно подать через пони экспресс, мы последний раз так и поступили, стоило это немного дороже, чем напрямую http://www.pony-***visa.ru/visa_estonia.php
Карты есть обеих систем, в Эстонии ни разу проблем с ними не возникало.