Могу предположить, что выбор зависит от того, что именно нужно исследовать. Скажем, для позвоночника лучше МРТ (видит протрузии), а гайморит лучше смотреть КТ.
Ну 2 отличия точно вижу. МРТ безопасное исследование, а КТ - это мощное рентген-облучение (поэтому даже платно просят направление от врача). МРТ дороже КТ.