В Прагу дешевых авиа практически не бывает (ну только если с пересадкой) - коллегу так 2 раза отправляла за 4 тыс. Так что может быть поездом - вполне себе неплохой вариант (стоимость смотри на ржд - но на май скорее всего еще нет цен, а вот авиа можно посмотреть на момондо или скайсканере или энивейэнидей - поигравшись с датами прилета-отлета иногда можно сэкономить). Но авиа - чем раньше купишь (особенно на такой горячий сезон как майские) - тем дешевле (но вот насчет именно Праги - не уверена).
Весь цимес самостоятельного путешествия не только (и не столько) в том, что ты экономишь, сколько в том, что ты сам себе хозяин - гостиницу выбираешь сам (мы например выбираем хорошие гостиницы, но они нам просто обходятся дешевле и не на задворках или выбираем апартаменты, что при проживании более 4 дней - вполне оправдано и финансово, и просто личным удобством - но это все имхо).
конечно можно купить и готовый тур и возможно (а че, все уже разжевали заранее и в рот положили готовый тур), что не особо то сэкономишь, но самостоятельно это делать - особый кайф и пока не попробуешь не поймешь его - потом очень затягивает.
Виза - собираешь документы как в агентство и несешь сама в посольство или визовый центр (там не кусаются
и экономишь еще на услугах турагентства, тем более сейчас по документам в шенген упрощения.
Ну и как настольная книга - просто маст хэв - форум Винского - поможет вам открыть не ту Прагу, в которую возят пачками туристов и со слов наших гидов, а открыть свою Прагу - только вашу
ну и мы здесь, чем сможем - тем поможем
=======
