а что ответит фмс по делу? предложат только поменять

выпускать то будет пограничник.
Но по хорошему - раз государство не сделало ограничений для детей - пусть выпускают. Но мне кажется скоро появятся первые прецеденты на границе.
Но я б не переделывала паспорт, и уж тем более для 3хлетнего ребенка.