У меня сложилось такое впечатление об этом вопросе, что если есть возможность без маткапитала - то лучше без него.
Не все банки с маткапиталом работают. Это может ограничить выбор банка.
Детей надо наделять собственностью. Часть проблем уже сказали.
Кроме перечисленных проблем, если захотите в будущем с этой квартирой еще какую-то жилищную задумку решать (продавать ее с целью покупки большей или размена на меньшие, переезда в другой город, покупки частного дома) - все манипуляции будут только с согласия органов опеки.