мне тоже кажется наилучшим выходом на будущее регламентировать порядок работы из дома.
в моменте придраться особо не к чему - человек написал что он работает из дома. отпрашивался он, не отпрашивался, как бы не наше собачье дело и не наша ответственность.
а ты сама что отпуск что ли себе берешь на дни когда из дома работаешь? мне кажется это тоже неправильно. работа из дома - это работа. а отпуск или отгул -это твое личное дело и по работе тебя в эти дни дергать могут только в экстраординарных случаях.
на сейчас, чтобы свою жопу прикрыть насчет товарища, я бы написала руководителю вопрос - "такой-то 2 дня работал из дома, заявление на отпуск/отгул писать отказывается, это ок? какая у вас была договоренность?"