Мне кажется в сам момент подачи документов они не проверяют есть долги или нет. Я в ноябре подала на вычет за конракт на роды, транспортный в долгах еще не был, а в феврале письмо прислали что надо оплатить транспортный ( я забыла про него) и потом с квитанцией подъехать в налоговую, на той неделе как раз квитанции привезла, проверили, у меня все ровно, пеня и долга нет, теперь в течение месяца ждать денег.