Письмо было с уведомлением или с описью вложения? если описи вложения не было, то он может сказать, что там не заявление было, а.. да все что угодно

Какая там структура компании? Не сам же директор записи в трудовую пишет? Может подкатить к тому, кто пишет? И с ним поговорить?