Еще агенты могут брать комиссию типа "за оплату картой" и т.д. , то есть то, что в первоначальной цене не указано. Но это всё выясняется до момента оплаты, естественно, то есть заставить переплатить тебя никто не может.
С возвратом билетов, купленных через агента, по идее никаких проблем быть не должно, так как все условия прописаны в тарифе. Вот их нужно обязательно читать, вне зависимости от того, через кого билет покупаешь. Потому что чаще всего самые дешевые билеты вернуть просто невозможно. А более дорогие в зависимости от стоимости имеют более гибкие условия, надо вчитываться.