Я так думаю, что если имеется возможность иметь больше комнат (а следовательно, отдельные комнаты для детей), то лучше использовать эту возможность. Это актуально даже не только для разнополых детей. Мы с сестрой всю жизнь жили в одной комнате, в двушке - для меня было мечтой иметь отдельную комнату. Пусть небольшую, но отдельную. Для разнополых тем более это будет важно, не сразу, конечно, к определенному возрасту, но все же..