У нас все лего перемешано и лежит в одном большом пластиковом контейнере, так играть удобнее, когда под рукой много деталек.
Я ничего не убираю "отлежаться", но периодически устраиваю зачистки и выбрасываю или отдаю игрушки, из которых уже выросли.