Я писала свой ответ до поста Мышоночек и до поста Motor о предпосылках темы.

Я очень удивилась, что есть люди, считающие армян мусульманами. В моем окружении не встречала.
Крестить в армянской церкви проблем бы не видела. Я знаю о различиях между трактованием ряда вопросов, но это пусть богословы и главы церквей решают между собой. Главное - причащаться можно, за здравицей и опорой поминают, венчают (крестная нашего сына венчалась в Армении, никто не перекрещевал).

Пожелаю решить все ваши сомнения миром.
Если бы встал вопрос в ключе "или воспитываем в другой вере или оставляем на потом, сам выберет" я бы выбрала другую веру.