Для начала надо узнать в банке, можно ли при ипотеке прописать не равные доли.
Если нельзя, то потом в рег палате через договор выделения долей, с ипотечными квартирами это сложнее, там еще от банка согласие вроде потребуется на передел долей.
У вас квартира дешевле 4-х лямов, на максимальный вычет обоим вы не выходите, мне думается, что в таком случае по фиг совместная или долевая. Долевая удобнее тем, что доли уже явно выделены и не придется их потом выделять для каких-то манипуляций с квартирой.