Может быть, еще посмотреть и на то, насколько они - племянник и сын - между собой сдружились? Если хорошие отношения у мальчишек, может быть лучше их в одну группу сейчас определить - племяннику будет очень полезно, что с ним в одной группе родной человек, легче будет освоиться в новом коллективе - я так понимаю, коллектив в любом случае новый?
Но в принципе и вариант 2 года в подготовишках - вариант вполне нормальный, очень распространенный, моя тоже 2 года в подг. группе провела, просто так распределили. Если ребенок "остающийся" в группе не один и заранее уверенно знает что остается - проблем быть не должно.