Отличия только в том, что не платятся взносы в фсс и соответственно не оплачиваются больничные и в дальнейшем при смене работы эту сумму для оплаты больничных не учтут
все остальные взносы и налоги платятся как положено
так же не будет оплаченных отпусков и при завершении срока договора его могут не продлить