Не знаю, что там с ипотекой, но при просто покупке даже если квартира оформлена только на одного из супругов и деньги тоже только с его счета поступали, то второй без проблем получает вычет. Аналогично с совместной собственностью, а вот при долевой, действительно, налоговые иногда придираются. Но, скорее всего, это конкретная дурь на местах.
Кстати, у налоговой есть справочный телефон, можно позвонить и узнать.
Ответ с цитатой