С 1.01.2016 г. внесли изменения в НК. Раньше там были упомянуты индивидуальные предприниматели, теперь простые физики тоже. Т.е. при продаже квартиры, которую сдавали в аренду, придётся полностью платить налог независимо от времени владения.
Да и применительно к 2015 году налоговики уже высказывали свое мнение
Таким образом, если сдача в аренду недвижимого имущества отвечает вышеуказанным признакам предпринимательской деятельности, то независимо от регистрации в качестве индивидуального предпринимателя сдача имущества в аренду будет являться предпринимательской деятельностью.
В таком случае оснований для освобождения от обложения налогом на доходы физических лиц доходов, полученных от продажи такого имущества, иметься не будет.
МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМО
от 26 мая 2015 г. N 03-04-05/30271