На официальном сайте налоговой значится:

"Так, представить декларацию необходимо, если в 2015 году налогоплательщик продал имущество, находившееся в его собственности менее трех лет; получал доход от сдачи квартир, комнат и другого имущества в аренду; получил дорогие подарки, а также занимался репетиторством." (https://www.nalog.ru/rn77/news/activities_fts/5930639/ )

Ну т.е. пока (для продаж 2015 года) правило "платить при продаже только если менее 3 лет" идет без всяких оговорок про "и более 3-ех лет, если квартира когда-то сдавалась".