У меня киста была под старой коронкой, но симптомы немного другие, болело именно как нерв. Похожий на твой случай был (с припухшими деснами), когда еда застряла и началось воспаление. То есть болела десна, а казалось, что и зуб тоже.
Короче, просто покажись врачу. Но зачем ты ходишь к стоматологам, которым не доверяешь?