Можно утеплить, конечно же. Можно даже тёплый пол проложить на лоджии.
Если подоконное пространство не трогать - это легко согласуется.
В некоторых сериях домой порог убирать можно. Но в большинстве и в старых - нельзя.
Визуально можно пол на балконе сделать вровень с балконом, чтобы не делать этот порог.