Оль, тут надо конкретный борт знать. Тем более, если это чартер. Компоновка мест у каждого борта индивидуальная. Какие лучше места брать - зависит от того, как вам удобно. По мне так без разницы, если лететь больше 3 часов - то лучше ближе к туалетам наверное. Мне все равно где сидеть с детьми, лучше, если не на крыле - чтоб было что посмотреть за окном.
У тебя катастрофически мало времени заложено. У тебя терминал Д? рейс по РФ или международный? для последнего лучше больше времени закладывать. Багаж сдаете? Если без багажа (что вряд ли с двумя детьми), то тогда прибытие в аэропорт в 6 - это крайняя временная граница. С детьми минимум за 1,5 часа лучше пребывать, а еще лучше за 2. То есть в вашем случае, вам нужно там быть в 5.30.