Про малышей совсем не знаю, но у нас такое было в момент аллергии, когда сидели на диете и творога много съели. Сдали анализ на скрытую кровь, все в норме. Но у нас был единичный случай, потом 2 недели без молочки на диете сидели.
Вроде бы это аллергический колит называется, но нам врач не говорила.

Но еще может быть и действительно трещинки, раз ты говоришь, что со стулом туго.
Сдайте на скрытую кровь анализ.