Это нужно смотреть на сайте конкретного музея! Многие работают, тот же KHM. Но на него нужен целый день))
На такой короткий срок (тем более, сейчас в Вене холодно), советовала бы в первый раз просто прогулку (начиная от Ратуши и далее все "центрее", с заходом в любое приглянувшееся заведение на поесть и погреться), а на второй день Монумент и Бельведер.
Из музеев, которые интересны и взрослым, и детям одновременно, может, на будущее - посоветую Naturhistorisches Museum (музей естествознания, там необыкновенная коллекция минералов и вообще экспозиция потрясающая, со множеством интересных интерактивных познавательных штук плюс очень красивое старинное здание и внутри, и снаружи); детский музей в Шенбрунне; технический музей (тоже недалеко от Шенбрунна).
Но каждый музей, это, конечно, дело на целый день (ну кроме, разве что, Детского музея, он не очень большой, но и в нем мы провели шесть часов).