Я думаю не будет проблем. Тем более вы всегда можете доказать что ребенок фактически тут проживает, т.е.временная регистрация не фиктивна. Но это конечно если в следующем году не внесут какие то очередные изменения в процесс набора. Мы на госуслугах не заполняли, т.к.шли переводом из сада, но по словам завуча длинная (от 1 года) временная регистрация в плане приоритетности приравнивается к постоянной. Хотя конечно лучше уточнить в вашей школе еще раз.
Я бы на вашем месте при заполнении формы писала в качестве регистрации вашу временную, если что всегда можно прикинуться деревом и сказать что ошиблись. Главное чтоб до вас добрались в первую очередь.