про золотистый стафф сказали. Обычно если ребенок на ГВ, назначают маме. Дозировку надо проверять, кажется чайная или столовая ложка. Обязательно сильно разводить, потому что это очень большая дрянь, сжигает сильно. И дня 3-5 максимум.
С остальным - ну я бы попробовала подавать линекс ребенку. Нам он исправлял хорошо все. В общем, надо чем-то подправить флору испорченную. Лакто и бифидо-бактериями обычно. Обратить внимание чтобы в их составе не было лактозы.
Если не поможет, то бактериофаги или КИП. Но и то и другое на мой взгляд "пушки".. я бы постаралась обойтись без них.