У нас была такая ситуация на моей прошлой работе и парня заставили все выплатить. Это был 2005 год примерно и сумма была не млн, а тысяч 400, но все равно.
Мы работали в отделе закупки и в принципе вся ответственность была на нас, парень им наликом заплатил и они скрылись оборудование не поставили. У нас можно было нал/безнал. Он выплатил и потом еще прилично лет проработал в компании. Кстати он был новеньким месяцев 8 проработал и такой косяк.
Как его могут заставить? Если не материально-ответственное лицо, то только по суду. То, что ваш парень выплатил - его личная инициатива. У моего мужа был похожий случай на бывшей работе, отгрузил товар без предоплаты по гарантийному письму, а те скрылись, оказались тоже мошенниками, директор конечно рвал и метал, но я ему сразу сказала - решение об отгрузке подписал не ты, а директор, ты не материально-ответственное лицо, шли всех лесом, ничего он сделать не смог, хотя тоже грозился. Там правда сумма была тыс 250, но все же. Ситуация потом забылась, муж после этого проработал там несколько лет.