Брат не может отказаться от части наследства. Или принимает все, что положено по закону, или отказ от всего. Отказ в последствии нельзя взять обратно или изменить. Если пишите отказ, или указываете в пользу кого отказываетесь, или, если не указываете-то делится пропорционально.
И у вас получается момент владения квартирой отсчитывается с момента первоначальной регистрации доли на квартиру.