Я подходила с этим вопросом к нотариусу. Месяц назад. Ситуация один в один как у вас.
Ответ: выделение долей происходит после снятия обременения. СРОК СНЯТИЯ обременения в законе НЕ прописан. Соответственно, ждёте, когда застройщик выполнит обязательства по ДДУ, получаете ключи, все документы, снимаете обременение и выделяете доли.