По поводу коленей и бега.
Если не было травмы именно колена, то от бега оно не заболит.
Болевые ощущения - это связки. При беге, особенно если только начинаете бегать, мышцы нагружаются, сокращаются и тянут связки.
Основная причина - нетренированность мышц и/или большая нагрузка.
Поэтому важно после бега делать растяжку - потянуть икру, заднюю поверхность бедра, внутреннюю. И проблем не будет.

Рекомендация чередовать бег с шагом - это боььше про контроль пульса.
Многие новички сразу начинают лупить на все деньги, а через километр устают и останавливаются

Есть такое понятие как пульсовые зоны, у каждого человека они индивидуальны. Новичкам рекомендуют бегать в 1-2 пульсовой зоне. Это когда тебе легко бежится и ты можешь спокойно разговаривать.
Но для этого нужны часы с пульсометром.