Не просто "может", а обязаны. Они ж будут по закону твоим налоговым агентом. Крайне редко могут по твоему личному заявлению не быть агентом, но потом ифнс заколебешься это доказывать. Поэтому нормальные организации всегда выступают агентом при таких отношениях.
А вот что касается продажи, то да, могут быть потом вопросы с налогом. То есть при любом раскладе придется платить ндфл (тут обсуждали уже этот вопрос - поищи)